为加强呼吸系统疾病的防治研究，顺应国家疾病防治体系面临的挑战，以呼吸系统疾病为主攻方向的研究所上海交通大学医学院呼吸病研究所于2018年1月正式成立。研究所主要聚焦于呼吸感染危重症、慢性气道疾病、支气管肺癌三个研究方向。根据国家中长期科技发展规划，聚焦于某些重要肺部疾病防治的重大科学问题，充分利用国家重大科技基础设施上海转化医学中心，开展基础与临床紧密结合的转化医学研究工作，使之成为国内先进的呼吸系统疾病的临床诊疗中心、学术研究中心、科技创新中心和人才培养中心，特别是在呼吸危重症、慢性气道疾病和肺癌领域处于国内先进水平。

       研究所成员单位以瑞金医院呼吸科与危重症学科、胸外科、微生物科为核心，由仁济医院呼吸科，新华医院呼吸科及上海市免疫学研究所等成员单位、合作单位共同建设，积极推动临床诊疗研究，学术研究，聚集和培养优秀人才，使其发展成为立足回答临床关键科学问题，具有转化医学特色的技术平台。